El año 1263 se llevó a cabo una permuta entre los responsables de la Colegiata de Roncesvalles y el rey por la cual éste recibía las propiedades que dicha Colegiata tenía en Tiebas a cambio de sus propiedades en el cercano municipio de Badostain. Así, a comienzos del reinado de Teobaldo II, seguramente hacia 1263-1264, se erigió de nueva planta este palacio como residencia real con los alojamientos adecuados para el funcionamiento de una estructura cortesana y administrativa ya que la capital del reino era un señorío episcopal donde la monarquía no poseía un palacio de su propiedad. Teobaldo II empleó Tiebas como residencia regia en variadas ocasiones durante su reinado (en 1264, 1266 y 1269).
Su hermano y sucesor Enrique I residió en el palacio los años 1271, 1272 y 1274). Tras la unión de la dinastía Navarra con la Casa de Francia en 1275 el edificio sirvió de residencia a los gobernadores del renio dado que los reyes de la dinastía capeta residieron prácticamente siempre en Francia y acudieron en contadas ocasiones a Navarra. Carlos II fue el último rey navarro que habitó en el lugar entre 1371 y 1372. El año 1364 este monarca organizó en el palacio una fiesta (“depuesto o solaz”) en la que intervinieron dieciséis danzantes vestidos de salvajes con pieles de “ayninas prieta” (cordero de lana negra) “fals visages o caruchas” (caretas).
La importancia de Tiebas como sede regia había ido perdiendo importancia desde principios del siglo XIV a causa del peso creciente del poder real en Pamplona, donde el obispo había cedido su señorío al rey en 1319, de modo que los monarcas navarros pudieron establecer su residencia en el antiguo palacio episcopal, hoy Archivo General de Navarra. Tiebas, aun siendo residencia real, siempre estuvo al cuidado de un alcaide nombrado y pagado por el rey.
Tiebas sirvió también de prisión: En 1280 había 26 presos, posiblemente desde la rebelión y destrucción de la Navarrería en 1276. Muchos, tal como relata el Poema de Annelier, morirían entre sus muros: “e totz les autre fó en Tebas presonar / e morir de dolor e lá yntz languinar” («y a otros los tuvo presos en Tiebas y allí les hizo languidecer y morir de dolor»). En 1304 se cortó la lengua en Tiebas a un joven aragonés que había murmurado contra el rey en Tudela y en 1305 estaba allí preso Juan Ibáñez, “ladrón pésimo”, que había asaltado a varios mercaderes.
Tiebas custodió durante años el archivo de la Cámara de Comptos y a la vez del Archivo real, y que estando allí esos archivos sufrió el castillo un incendio, en el que perecieron la mayor parte de las escrituras. A esto, J.Mª Lacarra sostiene que la noticia es exacta en parte. En Tiebas estaba el archivo de la Tesorería (otra parte en Estella y el resto en Pamplona). En Tiebas estaban libros y papeles de las cuentas del tesoero, parte del archivo del rey, y un arcaz del obispo y de la catedral de Pamplona. Las piezas correspondían al s. XIII y estaban contenidas en arcas, armarios, cajas, ligazas y sacos. Hay inventario de 1329, sacado por el notario de la Corte Martín Pérez de Cáseda. El depósito de Tiebas se usaba aún en 1361, cuando se transportaron allí desde Estella ciertas cajas y sacos “plenos de cartas”. Parece, según Lacarra, que ambos archivos, el de Estella y el de Tiebas, se habían fundido en uno.
