El año 1445, Juan II de Aragón, rey de Navarra, donó el conjunto a Juan de Beaumont, prior en Navarra de la Orden de San Juan de Jerusalén. Desde entonces volvió a estar habitado y regido por un alcaide; el primero de ellos, Sancho de Erviti, fue nombrado en 1450.
Durante las guerras civiles del s. XV debió sufrir algunos daños importantes, ya que fue atacado en septiembre de 1494, sobre todo en este último cuando fue bombardeado durante varios días, tal como relataban los jurados de Tudela destacados en el lugar: “Hayer domingo que se contaba a quince del present mes llegamos aquí sobre esa fortaleza de Tiebas la qual se bate con artelleria muy de recio. Los de dentro no estan atagora tan apretados para que mas escrevir vos podamos sino que no partiremos ata haverla puesto en poder de los Reyes nuestros señores”.
La Guerra de Navarra entre 1512 y 1521 afectó igualmente a Tiebas. Tras conquistar Pamplona, el ejército castellano fortificó el conjunto, entre otros, para defenderse del ataque del rey de Navarra, Juan de Labrit: en noviembre de 1512 fue cercada, atacada y tomada por las tropas navarras. Tras asegurar su conquista, el rey Fernando el Católico procedió a una reestructuración racional del sistema defensivo del reino. El castillo de Tiebas, según refiere el cronista Zurita, se consideró de interés para la defensa de Pamplona: “y porque se vio por experiencia que la fortaleza de Tiebas dio mucho provecho cuando Pamplona estuvo cercada, pareció que sería útil tornarla a labrar y fortalecerla”. Así, la Relacion de los pueblos cercados e fortalezas que ay en el Reyno de Navarra (1513-1516) menciona al castillo de Tiebas entre los de la Merindad de Pamplona: “Tiebas, que tiene Martin de Beamonte, que es fortaleza llana, y fue otro tiempo Camara de Contos. Aportillaronla los franceses quoando vinieron sobre Pamplona (campaña de 1512). Ala tornado a reparar Martin de Beamonte, diciendo que le pertenesce”. El edificio seguía siendo, al parecer, de titularidad privada, no de realengo.
La guerra volvió a alcanzar al palacio en 1521. Tras la recuperación del reino de Navarra por las tropas de Enrique de Albret, el castillo sirvió de cuartel general al ejército franco-navarro durante las operaciones militares que culminaron en la Batalla de Noain el 30 de junio de 1521.
El conjunto de Tiebas siguió en manos de los Beaumont, de las cuales pasaría a la Casa de Alba tras el matrimonio en 1564 de Brianda, hija de Luis de Beaumont, 4º conde de Lerín, con Diego de Toledo, hijo del Duque de Alba.
El castillo debía estar todavía en pie hacia 1560, pues hay noticia de una conspiración, descubierta por los castellanos, a favor de Antonio de Borbón, Rey de Navarra y Duque de Vendôme, parte de cuya trama fue urdida entre sus muros, bajo el alcaidío de Juan de Acedo.
El edificio estuvo habitado, o al menos cuidado, hasta su abandono. El año 1656 se abre un proceso entre Fernando Álvarez de Toledo, Condestable de Navarra y propietario del castillo-palacio, contra Juanes de Eleta, vecino de Tiebas, por “aber llevado piedras del castillo de dicho lugar (Tiebas) para las fabricas de sus casas”. Los diversos testimonios presentes en este pleito confirman en afirmar que hasta diez o doce años atrás, el edificio estaba en buen estado pero que en el momento del proceso estaba arruinado y sin techumbres.
